Фамилия Говнянская — редкий и трудный для этимолога случай. Её основа говн- вызывает в современном языке однозначные ассоциации, но в истории русских прозвищ и фамилий за этим корнем стоит не только прямое значение. Чтобы понять происхождение, нужно смотреть на суффикс и региональный контекст.

Фамилия образована по типичной для западных и южных земель модели с суффиксом -янск- (ср. Зеленянский, Кобзарянский). Это вариант более распространённого -ск-, который присоединялся к топонимам или прозвищам. Говнянская, скорее всего, указывает на происхождение из населённого пункта с названием вроде Говняны, Говнянка, Говно. Такие названия могли возникнуть не от обсценной лексики, а от диалектных слов: говно в некоторых говорах означало «грязь», «болото», «топкое место». Человек, живший у болота или на грязной улице, мог получить прозвище Говняный, а его потомки — фамилию Говнянские.

Версия с прямым прозвищем «испачкавшийся» или «нечистоплотный» тоже возможна, но менее вероятна для фамилии на -ск-, которая чаще закреплялась за целым родом из одной местности, а не за отдельным человеком по его личным качествам. В дореволюционных переписях встречаются крестьяне и мещане с такой фамилией на западе России, в нынешней Беларуси и на Украине — как раз в зоне активного бытования топонимов с корнем говн-.

Современное звучание фамилии — результат языкового сдвига. То, что для предков было нейтральным географическим указанием (житель болотистой местности), для нас стало неудобным словом. Но именно такие «неблагозвучные» фамилии часто сохраняют древнюю диалектную лексику, которую вытеснил литературный язык.