Фамилия Говнянин — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, кажется современному уху грубым или обидным, а на деле могло иметь совершенно бытовое, безобидное происхождение. Суффикс -янин (в женском роде -янка) в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для прозвищ, образованных от названия местности или рода занятий (например, Рязанин, Дворянин), но в данном случае работает иначе: основа «говн-» указывает на прямое, а не географическое значение.

Главная версия — прозвище Говня, которое давали человеку, имевшему дело с навозом или нечистотами. В крестьянском быту это не было ругательством: навоз использовали как удобрение и топливо (кизяк). Прозвище мог получить крестьянин, который возил навоз на поля, делал кизяки или чистил выгребные ямы. Работа грязная, но обычная и необходимая. Суффикс -янин в таком случае превращает прозвище в обозначение человека по его «специализации»: Говнянин — тот, кто связан с говном (навозом).

Вторая, менее вероятная версия — связь с названием реки или болота. В русских говорах «говно» иногда называли топкое, илистое дно, жидкую грязь. Житель берега такой речки или болотистой местности мог получить прозвище Говня по месту жительства, а фамилия Говнянин закрепилась бы за его потомками. Однако эта гипотеза слабее: топонимы с таким корнем практически не встречаются в документах, а суффикс -янин в прозвищах по ремеслу встречается чаще, чем в прозвищах по месту.

Фамилия крайне редкая. В дореволюционных источниках она почти не фиксируется — вероятно, из-за табуированности корня в официальных документах. Носители могли сменить фамилию на более благозвучную (Говнов, Говняев) или просто избегать её записи. В современной России Говнянин встречается единично, в основном на Урале и в Сибири, куда переселенцы могли принести прозвище из центральных губерний, где табу было слабее.

Однокоренные фамилии — Говнов, Говняев, Говядин — образованы от тех же основ, но с разными суффиксами. Говнянин среди них выделяется именно моделью на -янин, которая подчёркивает не просто отношение к предмету, а постоянную связь с ним, почти как с профессией.