Фамилия Говнюкапа — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив свою грубоватую прямоту. В её основе лежит сложное слово, состоящее из двух частей: «говн-» (от «говно») и «капа» (от глагола «капать»). В буквальном смысле прозвище Говнюкапа могли дать человеку, который вечно пачкался, ходил неопрятным или работал с чем-то жидким и грязным — например, с нечистотами, навозом или в кожевенном производстве, где использовали зловонные растворы.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. Фамилия не имеет типичного суффикса (-ов, -ин, -ский), а застыла в форме исходного прозвища. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии нередко оканчиваются на гласный и образованы от глагольных конструкций (сравните: Непийвода, Убейвовка). Говнюкапа — явный пример из этого ряда, что указывает на возможное происхождение носителей с территории Малороссии, Слобожанщины или южных областей России.

Версия, что прозвище могло быть ироничным или «обережным» (давать ребёнку имя с плохим значением, чтобы отогнать злых духов), маловероятна. Слишком конкретно и физиологично слово — такие прозвища обычно закреплялись за взрослыми людьми по реальному поведению или роду занятий. Сословно фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая: в дворянских родах подобные основы не встречаются из-за социальных норм.

Сегодня фамилия Говнюкапа крайне редка. В открытых базах данных и телефонных справочниках она почти не фиксируется, что говорит либо о её угасании (носители могли сменить фамилию в советское время из-за неблагозвучия), либо о концентрации в глухих сёлах, не охваченных цифровыми архивами. Никаких известных исторических деятелей с такой фамилией нет — это фамилия-одиночка, сохранившаяся чудом.