Фамилия Гракун образована от прозвища или мирского имени Грак, которое восходит к украинскому слову «грак» — грач. В старину нецерковные имена, взятые от названий птиц и животных, были распространены на всей территории восточных славян. Имя Грак давали ребёнку с охранительной целью: считалось, что природа примет мальчика как своего, а птичьи качества — чёрное оперение, зоркость, крикливость — перейдут к нему и защитят от зла. Это типичная модель народного имянаречения, когда имя служило оберегом, а не просто описанием внешности.

Морфологически фамилия образована с помощью суффикса -ун, который в украинской и южнорусской традиции часто указывал на носителя характерного действия или свойства (ср. бегун, крикун, говорун). В данном случае Гракун — «тот, кто грачит», то есть издаёт звуки, похожие на грачиный крик, или же просто «сын Грака». Суффикс -ун придаёт фамилии оттенок прозвищности: так могли назвать человека с хриплым голосом, говорливого или того, кто картавил.

Нельзя исключать и чисто прозвищное происхождение: Граком или Гракуном могли окрестить человека с очень тёмными, чёрными волосами — по цвету оперения грача. В украинских говорах слово «грак» закрепилось именно за чёрной птицей, поэтому внешняя аналогия напрашивается сама собой. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Гракун встречается преимущественно в украинских и прилегающих южнорусских регионах, где слово «грак» было обиходным.

Словообразовательная модель с суффиксом -ун для фамилий на -ун — довольно редкая. Чаще встречаются фамилии на -енко, -ук, -чук, -ов. Гракун стоит в одном ряду с такими же немногочисленными фамилиями, как Крикун, Свистун, Брехун — все они образованы от глагольных или звукоподражательных основ и описывают характерную черту человека. Таким образом, фамилия Гракун — это не просто отчество от имени Грак, а живое прозвище, закрепившееся в роду.