Фамилия Грдюшин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Её ядро — корень «грд-», который в русских говорах имеет два возможных источника, и оба связаны с живой разговорной речью, а не с книжными именами.

Самый вероятный путь образования — от прозвища Грдыш или Гардыш. В южнорусских и украинских диалектах слово «грдый» (или «гордый») произносилось с твёрдым «г» и редуцированной гласной. Выходило нечто среднее между «гордый» и «грудый». Прозвище Грдыш могли дать человеку с характером: спесивому, неуступчивому, держащемуся с достоинством. Суффикс -ыш в русских фамилиях типичен для прозвищной модели (сравните: Малыш → Малышев, Голыш → Голышев, Крепыш → Крепышев). Со временем прозвище Грдыш превратилось в фамилию Грдюшин через патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «сын Грдыша».

Менее распространённая, но лингвистически допустимая версия — связь с диалектным глаголом «грдыбать» или «грдычить», означавшим медленное, неуклюжее движение, хождение с трудом. В таком случае Грдыш — прозвище медлительного или тяжеловесного человека. Однако эта гипотеза слабее: глагол узко локален и не дал устойчивого ряда фамилий, в отличие от «гордого» корня.

Фамилия Грдюшин почти не встречается за пределами России и не образует гнёзд однокоренных фамилий — нет массовых Грдышевых или Грдюхиных. Это указывает на то, что фамилия возникла в одном конкретном роду, вероятно, в среде крестьян или однодворцев южных губерний (Курской, Воронежской, Тамбовской), где диалектное «грдый» было в ходу. Фактически, Грдюшин — пример того, как местное произношение (аканье и отвердение согласных) законсервировалось в фамилии, не пройдя через литературную норму.

Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или шипящий (Грдыш → Грдышин, а затем под влиянием произношения — Грдюшин). Смена «ы» на «ю» — не опечатка, а следствие диалектной фонетики: в некоторых говорах после твёрдых шипящих «ы» звучало как нечто среднее между «ы» и «у», что на письме иногда передавали через «ю». Так что написание Грдюшин — живое, а не книжное, и это дополнительно подтверждает народное происхождение фамилии.