Фамилия Грюнер — одна из тех, что пришли в Россию вместе с немецкими переселенцами, но со временем прочно обосновалась и среди русскоязычных носителей. Её основа — немецкое средневековое слово grūene, которое переводится как «зелёный», «свежий» или «сырой». От этого прилагательного в немецком языке образовали прозвище, а затем и фамилию.

Прозвище Грюнер могло появиться по двум основным причинам. Первая — внешняя: так могли назвать человека, который предпочитал одежду зелёного цвета. В средневековой Европе зелёный не был повседневным цветом для всех сословий, и такая привычка могла бросаться в глаза. Вторая версия — топографическая: прозвище давали тому, кто жил в местности с обильной растительностью, среди зелёных лугов или лесов. В этом случае Грюнер — аналог русских фамилий Зеленин или Зеленцов, только с немецким корнем.

По суффиксальной модели фамилия Грюнер — это типичная немецкая фамилия без русского патронимического окончания (-ов, -ев, -ин). В немецкой ономастике суффикс -er часто указывает на принадлежность к месту или роду занятий: например, Бергер (житель горы), Фишер (рыбак). В случае с Грюнер суффикс -er превращает прилагательное в прозвище носителя признака.

Особенность фамилии в том, что она не имеет однозначной славянской параллели. Если русские фамилии от цвета часто указывали на внешность или профессию красильщика, то Грюнер почти всегда отсылает к ландшафту или личной привычке. В России эта фамилия встречается в основном среди потомков немецких колонистов, которых в XVIII–XIX веках приглашали осваивать Поволжье, Новороссию и Западную Сибирь. Со временем многие Грюнеры обрусели, но фамилия сохранила исходное немецкое звучание и написание.

В ономастических справочниках фамилия Грюнер нередко сравнивается с более распространённой Грюн (Grün) — разница лишь в суффиксе, который в немецком языке добавляет оттенок «тот, кто зелёный» вместо просто «зелёный». В русской традиции встречаются варианты написания Грюннер, Гринер — они могли появиться из-за особенностей произношения в разных немецких диалектах или при записи фамилии в российских документах.