Фамилия Гюнер — редкий для русской среды пример, указывающий на нерусское происхождение. Она не вписывается в привычную модель русских фамилий с суффиксами -ов, -ин или -ский, и её носитель почти наверняка имеет предков из тюркской или германской языковой среды. Разбирать словообразовательную модель здесь нужно не с суффикса, а с корня, который звучит одинаково в нескольких языках, но даёт разный смысл.

Самая вероятная версия — тюркское происхождение. В турецком, азербайджанском и других тюркских языках слово «güner» (или «günər») состоит из двух частей: «gün» — «день, солнце» и «er» — «мужчина, человек, воин». Буквально это «солнечный человек» или «мужчина дня». Такие имена-композиты (сложенные из двух слов) типичны для тюркской ономастики: они могли даваться ребёнку как пожелание яркой, удачной судьбы или как прозвище человеку с открытым, светлым нравом. Фамилия, скорее всего, образована от личного имени Гюнер, которое позже закрепилось за потомками.

Менее распространённая, но возможная версия — немецкие корни. В немецком языке существует фамилия Güner, которая восходит к древневерхненемецкому имени Gunther (от «gund» — битва и «heri» — войско). Это имя принесли в Россию переселенцы-колонисты в XVIII–XIX веках. Однако в немецком написании она чаще встречается как Guenther или Günther, а форма Güner — скорее сокращённый или диалектный вариант. Для русского уха разница между «Гюнтер» и «Гюнер» заметна: вторая фамилия звучит мягче и ближе к тюркскому произношению.

Географически фамилия Гюнер в России встречается точечно, чаще всего у потомков крымских татар, турок-месхетинцев или выходцев из Закавказья. В самой Турции фамилия Güner — одна из распространённых, и её носители нередко принадлежали к городским сословиям: ремесленникам, торговцам, чиновникам. Сословной привязки в русском контексте у неё нет — это не дворянская и не крестьянская фамилия, а принесённая миграцией.

Если ваш предок носил фамилию Гюнер, то, скорее всего, он был тюркоязычным мусульманином, чьё родовое имя означало «солнечный человек». Более точная привязка к региону или профессии требует изучения семейных архивов и документов о переселении — без них остаётся лишь лингвистическая реконструкция.