Фамилия Губченко — типичный пример восточнославянской модели образования на -енко, которая в украинской и южнорусской традиции означает «сын» или «потомок». Поэтому Губченко — это буквально «сын Губки». Вопрос в том, что скрывалось за прозвищем Губка, от которого и пошла фамилия.

Основных версий несколько, и ни одна не выглядит натянутой. Самая прямая — внешность: прозвище могли дать человеку за полные, пухлые или, наоборот, тонкие губы. Такое случалось сплошь и рядом, ведь прозвища часто цеплялись к приметной черте лица.

Вторая версия уводит в лес. В славянских говорах «губа» — это не только часть лица, но и гриб (отсюда «губчатый»). Прозвище Губка мог получить заядлый грибник, торговец грибами или человек, который любил и умел их собирать. Эта версия менее очевидна, но лингвистически состоятельна.

Третья, самая редкая, отсылает к ткацкому делу. В белорусском языке «губка» — это часть пряжи в кроснах (ткацком станке). Если предок был ткачом, его могли прозвать по орудию труда. Эта версия уже не бытовая, а профессиональная, и она показывает, что прозвище могло возникнуть не только из-за внешности, но и из-за ремесла.

Чередование к/ч в корне (Губка — Губченко) — нормальный исторический процесс для русского и украинского языков, поэтому Губченко звучит естественно, а не как искусственное переиначивание. Фамилия бытует в основном на Украине и в прилегающих областях России, что подтверждает её южное происхождение. Сословных перегородок у неё не было: Губченко могли быть и крестьянами, и казаками, и мещанами — фамилия на -енко в XVII–XVIII веках охватывала все слои, кроме высшей аристократии.