Фамилия Губенкин — один из тех случаев, когда разбор словообразовательной модели сразу проясняет происхождение. Суффикс -ин указывает на притяжательное значение: «чей?» — Губенкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Губенка. Основа здесь — не «губа» в прямом смысле, а уменьшительная форма от имени Губа, которое в старину было не анатомическим термином, а личным прозвищем.

Само имя Губа фиксируется в древнерусских документах. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается Губа, крестьянин в XV веке, а также Губа Семёнов, новгородский помещик. Прозвище могли дать человеку с пухлыми, выразительными губами или, по другой версии, обидчивому, «надутому» человеку — в народной речи «губу надуть» означало обидеться. От этого корня образованы и другие русские фамилии: Губин, Губкин, Губанов, Губанков. Губенкин стоит в том же ряду, но с дополнительным суффиксом -енк-, который вносит уменьшительно-ласкательный или «младший» оттенок: Губенка — не просто Губа, а маленький Губа или сын Губы.

Версия, что фамилия связана с украинским или белорусским суффиксом -енко, маловероятна: в Губенкине мы видим русский патронимический формант -ин, а не южнорусскую модель на -ко. Скорее всего, Губенкин — это «внутренняя» русская форма, где к основе Губенк- (от Губенка) добавили стандартный суффикс принадлежности.

Географически фамилия редкая, встречается разрозненно. По данным современных телефонных справочников и баз, носители живут в центральных областях России — в Московской, Нижегородской, Костромской, а также на Урале. Массового скопления в одном регионе нет, что типично для фамилий, образованных от не слишком распространённых прозвищ. Сословная принадлежность предков — скорее всего, крестьяне или посадские люди: прозвище Губа не встречается в боярских родословцах.

Если искать параллели, то Губенкин ближе всего к фамилиям вроде Петренкин или Иваненкин — там тоже двойной суффикс (сначала уменьшительный, потом притяжательный). Но в отличие от них, основа Губенкин не восходит к каноническому имени, а держится на прозвище, что делает фамилию более живой и «говорящей» — она прямо указывает на внешность или характер первого носителя.