Фамилия Губенкова — женская форма фамилии Губенков. Её основа — прозвище Губенок, которое в старину давали человеку с толстыми губами или обидчивому, «надутому». В русской традиции прозвища по внешности и характеру были повсеместны и не считались оскорбительными, поэтому Губенков встречается в документах XV–XVII веков.

Древнейшее упоминание — Иван Губенков, новгородский крестьянин 1495 года. В 1555 году в Казань на житье свели гостя (купца) Губенко Ивана. В 1610 году упоминается дворянин Алексей Иванович, потомок выходца из Смоленска. А в 1627 году снова фигурирует крестьянин Губенко Иван. Как видим, прозвище бытовало в разных сословиях — от крестьян до дворян, что говорит о его широкой распространённости.

Морфологически фамилия образована по типичной русской модели: суффикс -ов (в женском роде — -ова) присоединился к основе Губенок. Губенок — уменьшительная форма от «губа»: суффикс -енок указывал на принадлежность или свойство. Таким образом, Губенков — это «сын Губенка», то есть потомок человека с характерными губами или обидчивым нравом.

Встречается и украинская параллель — фамилия Губенко, но суффикс -ов в Губенкове однозначно указывает на русское происхождение, скорее всего из северных или центральных областей. В современных справочниках фамилия нередкая, но не массовая.