Фамилия Губенин образована от прозвища Губеня. Оно ведет свое начало от аналогичного нарицательного – губеней в старину называли человека с большими, пухлыми губами. Очевидно, данное прозвище содержало указание на особенности внешности основателя фамилии. Кроме того, Губеней могли прозвать обидчивого человека, того, кто часто надувает губы. Фамилии с основой «губ-» довольно древние, о чем свидетельствуют документы XV-XVII вв., где упоминаются: Иван Губанов, крестьянин (1495 г., Новгород), Алексей Иванович Губанов, дворянин (1610 г.), а также Губан Иван, крестьянин (1627 г.). Так и прозвище Губеня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Губенин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губеня, со временем получил фамилию Губенин.