Фамилия Губенина — это типичный пример «матрёшечной» модели, где прозвище сперва превратилось в обиходное имя, а затем в наследственное родовое именование. Корень здесь очевиден: «губ-», от которого образовано прозвище Губеня. В старину так называли человека с большими или пухлыми губами — то есть прозвище давалось по яркой внешней примете. Реже Губеней могли прозвать обидчивого, капризного человека, который часто «надувает губы».

Словообразовательная модель фамилии проста и прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность (буквально «чей?» — Губенин, то есть сын, потомок Губени). Это одна из самых распространённых русских патронимических моделей, но в случае с Губениной интересна основа: прозвище Губеня образовано с помощью уменьшительно-уничижительного суффикса -ен(я), который реже встречается в основах фамилий, чем, скажем, суффикс -ан (Губан, Губанов). Именно этот суффикс придаёт фамилии оттенок: прозвище звучало не грубо, а скорее бытово, ласкательно-насмешливо.

Фамилии с корнем «губ-» фиксируются в документах уже с XV века. В новгородских писцовых книгах 1495 года упоминается крестьянин Иван Губанов, в 1627 году — крестьянин Губан Иван. Эти записи показывают, что прозвища с этой основой были в ходу задолго до того, как превратились в наследственные фамилии. Прозвище Губеня, судя по всему, бытовало в тех же северных и центральных русских землях, где позже закрепилась и фамилия Губенина.

Иными словами, фамилия Губенина хранит не просто указание на внешность предка, но и живую речевую традицию: прозвище, данное по характерной черте, пережило века, пройдя путь от уличного ярлыка до официального родового имени.