Фамилия Губенин — один из тех случаев, когда прозвище описывало внешность напрямую, без обиняков. В её основе лежит слово «губеня»: так в старину называли человека с большими, пухлыми губами. Прозвище было точным и цепким — его давали либо по заметной черте лица, либо, что реже, по характеру: надутые губы считались признаком обидчивости, и Губеней могли прозвать того, кто часто дулся.

Модель образования фамилии простая и прозрачная: прозвище Губеня плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин. Такая схема (на -ин) характерна для фамилий, образованных от слов с окончанием на -а или -я, и в центральных и северных областях России встречается чаще, чем на юге. Так что по форме Губенин — фамилия исконно русская, а не украинская или белорусская.

Фамилии с корнем «губ-» фиксируются в письменных источниках уже с XV века. В новгородских писцовых книгах 1495 года упоминается крестьянин Иван Губанов, а в 1627 году — крестьянин Губан Иван. Эти ранние записи показывают, что прозвища от «губы» были в ходу задолго до того, как начали массово закрепляться в качестве фамилий. Прозвище Губеня — та же традиция, только с другим суффиксом (-еня вместо -ан), что придавало ему уменьшительно-ласкательный или, наоборот, слегка пренебрежительный оттенок.

Интересно, что в отличие от более распространённых Губановых или Губиных, Губенины встречаются реже. Это не массовая фамилия, а скорее локальная, привязанная к конкретным семьям. Встретить её можно в центральных областях России, но без серьёзного генеалогического исследования сказать, где именно она возникла и когда потомок Губени стал писаться с фамилией, невозможно.