Фамилия Губенская — типичный пример русской фамилии с «географическим» суффиксом -ск-, который указывает на связь с местностью. В основе, скорее всего, лежит название населённого пункта: Губы, Губенка, Губенское или похожее. Такие фамилии обычно получали дворяне по названию своего поместья или, реже, переселенцы, переехавшие в другую местность, — их записывали как «Губенский», а женщина в семье становилась Губенской. Окончание -ая в женском роде — стандартная грамматическая форма.

Корень «губ-» в топонимике многозначен. Самое прямое объяснение — река Губь или Губенка (от древнерусского «губа» — залив, изгиб берега). Такие названия встречаются в бассейне Оки и на северо-западе России. Вторая версия, менее вероятная для фамилии, — от прозвища Губа (человек с заметной губой или обидчивый, «губастый»). Но прозвища редко дают суффикс -ск-, он характерен для фамилий знатного или служилого происхождения. Поэтому дворянский или шляхетский след здесь более реален.

По сословной принадлежности Губенские — не крестьянская фамилия. В XIX веке носители этой фамилии встречаются среди мелкопоместных дворян, особенно в западных губерниях (Могилёвская, Витебская), где фамилии на -ский были распространены у обедневшей шляхты. Встречается и польский вариант написания — Gubieńska, что подтверждает возможное происхождение из Речи Посполитой.

В ономастических справочниках фамилия не частотна. Она не попала в массовые списки крестьян после отмены крепостного права, поэтому её носителей мало. Это редкая, локальная фамилия, привязанная к конкретному региону, а не к распространённому имени или ремеслу. Если ваши предки — Губенские, ищите их в метрических книгах западных губерний или в дворянских родословных книгах.