Фамилия Губенский принадлежит к распространённому типу русских фамилий на -ский. Такие фамилии чаще всего образовывались от географических названий — сёл, деревень или урочищ. В основе фамилии, скорее всего, лежит название населённого пункта вроде Губино, Губки или Губенки. Подобные топонимы встречаются в разных регионах России, особенно в центральных и южных областях. Человек, переселившийся из такого места, получал прозвище по месту прежнего жительства, а его дети уже носили фамилию Губенский.

Менее вероятна, но возможна связь с прозвищем Губа. В старину «губой» называли не только часть лица, но и залив, изгиб берега, а также в некоторых говорах — гриб-губку. Прозвище могли дать человеку с заметными губами или тому, кто жил у речной губы. Однако модель образования от прозвища обычно даёт фамилии на -ин (Губин), а не на -ский. Поэтому топонимическая версия выглядит убедительнее.

Стоит учесть, что фамилии на -ский в допетровской Руси были характерны для дворянства и духовенства. Дворяне часто получали фамилии по названиям своих поместий, а священники — по названиям церквей или сёл, где служили. Губенский мог быть и семинарской фамилией, искусственно образованной от названия родного села. В XIX веке такие фамилии стали массово появляться и у крестьян после отмены крепостного права, когда им нужно было закрепить фамилию официально.

Фамилия редкая, не входит в число самых частых русских фамилий. Её носители встречаются в основном в центральной России и на Украине, что подтверждает связь с конкретными географическими точками. Если у вас есть семейное предание о предках из какого-то конкретного села, это может быть ключом к точному происхождению. В любом случае, Губенский — это фамилия, которая указывает на место, а не на занятие или личное качество, и в этом её главная особенность.