Фамилия Губеная — редкий пример, где окончание -ая указывает не на женский род, а на происхождение из северных и центральных областей России, где такие формы были нормой для всей семьи. В отличие от стандартных -ов/-ев, модель на -ой/-ая (Губина, Губеной, Губеная) закрепилась в прозвищных фамилиях, особенно в Архангельской, Вологодской, Вятской губерниях. Если ваш предок звался Губеная, он почти наверняка был из тех краёв, где говорили «он такой губена́й» или «она губена́я».

Основа фамилии — слово «губеной» или «губастый», то есть человек с большими, толстыми или отвислыми губами. В русских говорах «губа» нередко означала не только часть лица, но и гриб (за сходство шляпки с губой), а также бранное прозвище для плаксы или обидчивого человека. Однако в случае с фамилией Губеная наиболее вероятна внешняя характеристика: в ономастике подобные прозвища по чертам лица (Губа, Губан, Губатый) встречаются повсеместно и легко переходили в фамилии без изменений.

Вторая версия, менее очевидная, — связь с глаголом «губить». В древнерусском языке «губный» означало «относящийся к убийству» (отсюда «губная грамота» — документ о сыске разбойников). Но фамилия Губеная скорее образована от существительного «губа», чем от «губить», так как суффикс -ен- в прозвищах чаще указывает на качество (ср. Долженя, Толстеня, Косеная), а не на действие.

Стоит отличать Губеную от фамилий Губин (от «губа» через патроним на -ин) и Губенко (украинская модель). Губеная — чисто русская, северная форма, и её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян Губеных в Вятском и Устюжском уездах, но массовой известности фамилия не получила — она осталась локальной и редкой.