Фамилия Губенков происходит от прозвища Губенок. На Руси так могли назвать человека с толстыми губами или, реже, обидчивого, «надутого» — того, кто «губы надул». В основе прозвища лежит слово «губа», а суффикс -енок указывает на уменьшительно-пренебрежительную форму. Такие прозвища в старину не считались оскорбительными и были довольно распространены.

Фамилия древняя, встречается в документах XV–XVII веков. В 1495 году в Новгороде упомянут крестьянин Иван Губенков. В 1555 году некий Иван Губенко, будучи гостем (крупным купцом), был сведён на житьё в Казань — это говорит о том, что носители фамилии принадлежали к разным сословиям. В 1610 году фигурирует Алексей Иванович, дворянин, потомок выходца из Смоленска. Ещё один Иван Губенко записан как крестьянин в 1627 году.

Суффикс -ов в фамилии Губенков — стандартный патронимический, указывающий на принадлежность: «сын Губенка». Таким образом, предок носителя фамилии в своё время носил прозвище Губенок, а его потомки закрепили его в родовом имени.