Фамилия Губенковы — одна из тех, что образована напрямую от прозвища, а не от крестильного имени. Её основа — прозвище Губенок, которое в старину давали по двум основным приметам: либо человеку с толстыми, «губастыми» губами, либо обидчивому, надутому, который «губы дует». Второе значение со временем почти стёрлось, но в XV–XVII веках оно было вполне узнаваемым и не считалось оскорбительным — прозвища тогда описывали внешность или характер без злого умысла.

Суффикс -енк- в основе Губенок указывает на уменьшительную форму: это не просто «губа», а «губёнка», то есть прозвище могло быть даже ласкательным или ироничным. От него по стандартной модели образовалась фамилия: Губенок → Губенков (чей? — сын Губенка). Форма множественного числа — Губенковы — подчёркивает родовую принадлежность, то есть «семья Губенковых».

Документы сохранили несколько ранних упоминаний. В 1495 году в новгородских писцовых книгах записан крестьянин Иван Губенков. В 1555 году в Казань на житье свели гостя (купца) Ивана Губенко — это показывает, что прозвище бытовало не только среди крестьян, но и в торговой среде. В 1610 году упоминается дворянин Алексей Иванович, потомок выходца из Смоленска — здесь фамилия уже закрепилась как наследственная. А в 1627 году снова встречается крестьянин Иван Губенко. Разброс по сословиям говорит о том, что фамилия не была привязана к одному социальному слою.

Интересно, что фамилия Губенковы родственна украинской фамилии Губенко, где суффикс -енко также образует патроним. В русском варианте добавился типичный фамильный суффикс -ов, что окончательно оформило фамилию в той форме, которую мы знаем сейчас. Точное место возникновения определить сложно — фамилия формировалась долго и независимо в разных регионах, но новгородские и смоленские корни выглядят наиболее вероятными по сохранившимся записям.