Фамилия Губенку — редкий случай, когда украинская модель образования не спряталась за обрусевшим окончанием, а сохранила свою форму. В отличие от привычных Губенко или Губенков, где суффикс -енк(о) превратился в -енк(ов), здесь мы видим исходный вариант: суффикс -енк- и окончание -у, характерное для украинских фамилий в родительном падеже единственного числа. Такое написание встречается в основном в западных и центральных областях Украины, а также у потомков переселенцев, которые не адаптировали фамилию под русскую грамматику.

Основа фамилии — «губа». В ономастике это многозначный корень. Самая прямая версия: прозвище Губенко дали человеку с заметными, полными губами. В украинских говорах «губа» могла означать не только часть лица, но и гриб (особенно груздь или волнушку), а также бранное слово — ротозей или плакса. Однако для фамилии Губенку вероятнее первое, внешнее значение: прозвища по чертам лица были обычным делом в среде простых крестьян и казаков.

Суффикс -енк- в украинской антропонимии — один из самых продуктивных. Он указывал на «малого», «сына» или «ученика» того, кто назван в корне. То есть Губенко — это «сын Губы» или «маленький Губа». При этом само прозвище Губа могло закрепиться за конкретным человеком, а его дети уже получали фамилию Губенки. Со временем фамилия застыла в такой форме, и в документах XIX века её могли записать как Губенку, особенно если переписчик следовал местному произношению.

Социально фамилия не несёт следов дворянства или духовенства — это типичная крестьянская или казацкая фамилия Левобережной Украины. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища (Губарь, Губатый), но именно форма Губенку — локальная и менее частая. Если сравнивать с однокоренными, то Губенков — это уже русифицированный вариант, который чаще встречается в России, а Губенко — стандартная украинская литературная форма. Губенку стоит между ними: она звучит по-украински, но с ударением на последний слог, что выдает южный или западный диалект.

Искать корни фамилии стоит в архивах Полтавской, Черниговской или Киевской губерний — там, где фамилии на -енко массово фиксировались в метрических книгах XVIII–XIX веков.