Фамилия Губерин — редкий случай, когда географическое название и личное прозвище могли сойтись в одной точке. Самая прямая версия: основа «губер» восходит к слову «губерния» или «губернатор». Но не спешите видеть в носителе фамилии потомка высокого чиновника. Скорее всего, Губериным называли крестьянина или мещанина, который работал при губернском правлении — например, рассыльного, сторожа или писаря. Такие «должностные» прозвища (Губернский, Губернаторов) давали по месту службы, а не по должности начальника. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Губерин, то есть сын или человек Губеры. А Губера — это и есть усечённое прозвище от «губерния» или «губернатор», в народной речи звучавшее фамильярно.

Есть и альтернатива, менее очевидная, но с той же моделью. В южных и западных говорах «губеря» или «губерить» могло означать «губить», «портить», «тратить попусту». В этом случае прозвище Губера давали человеку расточительному или неаккуратному в делах. Однако эта версия слабее: глагол с таким значением редок, а связка с административной лексикой в русских фамилиях встречается чаще (вспомните фамилии Земский, Городничий, Приказчиков).

Обратите внимание на форму: не Губе́ров, а Губе́рин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяют к основам на -а, -я. Значит, исходное прозвище звучало как Губера. Это не имя, а именно бытовое прозвище, которое могли дать одному человеку в деревне, а его дети уже стали Губериными. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где губернские города были на слуху. Встречается она редко, и это дополнительный намёк: предок, скорее всего, служил при конкретной губернской канцелярии, а не просто жил в губернии — иначе фамилия была бы распространена шире.

В итоге: Губерин — фамилия, образованная от прозвища по месту или характеру службы в губернском аппарате. Никакого дворянского статуса она не несёт, зато хранит память о человеке, который был «при губернии» — пусть и на самой нижней ступени.