Фамилия Губернацкая — женская форма от Губернацкий, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. Основа здесь не прозвище и не имя, а прямая административная должность: «губернатор». Суффикс -цк- (в варианте -ск-) указывает на типичную модель образования фамилий от географических названий или, реже, от должностей в польской и западнорусской традиции. В данном случае фамилия, скорее всего, означала «принадлежащий губернатору» или «выходец из местности, связанной с губернатором». Написание через «ц» (Губернацкий, а не Губернатский) — характерная черта: в русском языке суффикс -ск- после корня на «т» часто даёт сочетание «цк» (как в «немецкий» от «немец»), что закрепилось в устной речи и письме.

Вероятнее всего, фамилия возникла в среде польской или украинской шляхты, где должность губернатора (wojewoda или gubernator) была хорошо известна. Прямого указания на то, что предок был губернатором, здесь нет: скорее, фамилию мог получить управляющий имением губернатора, его слуга или крестьянин, живший на земле, принадлежавшей губернатору. В польской ономастике есть целый ряд фамилий, образованных по той же схеме: Губернацкий, Губернатович, Губернатор. В России после разделов Речи Посполитой такие фамилии встречались в западных губерниях — на территории современной Беларуси, Украины и в южных областях Польши.

Стоит заметить, что фамилия Губернацкая не имеет отношения к слову «губерния» напрямую: губерния — это территориальная единица, а губернатор — лицо. Слово «губернатор» восходит к латинскому gubernator («кормчий, правитель»), которое через польское посредничество (gubernator) вошло в русский язык в петровскую эпоху. Таким образом, фамилия не древняя, а относительно поздняя: её могли дать не раньше XVIII века, когда должность губернатора стала привычной в Российской империи. Встречается она редко, и это дополнительно подтверждает её локальное, шляхетское или однодворческое происхождение — массового распространения у крестьянства такие «должностные» фамилии не получили.