Фамилия Губернацкий — редкий случай, когда основа очевидна, а путь её появления в фамилии совсем не прямолинеен. Корень здесь — «губернатор» (от латинского gubernator — «кормчий, правитель»), но не спешите делать вывод, что предок был начальником губернии. В польской и западнорусской (белорусской, украинской) традиции суффикс -цк- (-ский) часто образовывал фамилии не от должности, а от названия населённого пункта. Губернацкий — это скорее всего «тот, кто из Губернатичей» или выходец из места вроде Губернатово, Губернатовка. Такие топонимы могли возникнуть от фамилии местного владельца или арендатора, который когда-то служил губернатором, но сама фамилия уже не указывает на профессию, а на географическое происхождение.

Модель образования — типичная для польской шляхты и украинской старшины: основа на -ат-/-ят- плюс суффикс -цк-ий. В русском языке фамилии на -цкий обычно получали дворяне по названию своих вотчин (князья Голицын от Голицыно, но Голицынский — уже от села). Губернацкий стоит в том же ряду: он не «сын губернатора» (было бы Губернаторов), а «принадлежащий к роду из Губернатова».

Встречается фамилия преимущественно на западе современной России, в Беларуси и на Украине, что подтверждает её польско-литовские корни. В реестрах казацкой старшины XVIII века попадаются Губернацкие среди мелкой шляхты Черниговщины и Волыни. Интересно, что в русских говорах слово «губернатор» могло иронически прилагаться к человеку важному или любящему покомандовать, но для фамилии эта версия слабее: прозвище Губернатор дало бы форму Губернаторов, а не Губернацкий.

Если ваш предок — Губернацкий, скорее всего, он происходил из западнорусских земель, где фамилия закрепилась за родом, владевшим или жившим в имении с «губернаторским» названием. Никакого отношения к управлению губернией это не имеет — перед нами типичная «топонимическая» фамилия, каких много среди польской и украинской шляхты.