Фамилию Губерницкий стоит разбирать с конца — с суффикса -цк(ий). В русских фамилиях этот суффикс, как правило, указывает на географическое происхождение: он образовывал прилагательные от названий мест, часто городов или сел. Губерницкий — это буквально «тот, кто родом из Губерниц». Или, что вероятнее, «из Губерного», «из Губернска» — некоего населенного пункта, название которого связано со словом «губерния».

Сама основа «губерн-» отсылает к административному делению Российской империи. Губерния — крупная территориальная единица, во главе которой стоял губернатор. Прозвище «Губерня» или «Губернский» мог получить человек, служивший в губернском правлении, либо выходец из губернского города (в отличие от уездного). Но в фамилии Губерницкий суффикс -ец указывает на жителя: «губернец» — житель губернии или конкретного места с таким корнем. Со временем от «Губернец» через притяжательное прилагательное (Губернецкий) и возникла форма Губерницкий, где «е» перешло в «и» под влиянием произношения.

География фамилии тоже подсказывает вариант происхождения. Губерницкие встречаются в основном в западных и юго-западных регионах бывшей Российской империи — на Украине, в Белоруссии, в Польше. Там существовали и существуют топонимы вроде Губерня (село в Житомирской области), Губернаторка (хутор), а также местечко Губерния в бывшей Подольской губернии. Фамилия могла закрепиться за переселенцами или ссыльными, но чаще — за крестьянами или мещанами, которых записывали по месту выхода.

В некоторых случаях возможна и искусственная семинарская версия. Фамилии на -цкий часто давали в духовных училищах выходцам из сел с «говорящими» названиями или просто по принципу благозвучия. Семинарист мог получить фамилию Губерницкий от слова «губерния» — как намек на административный статус или в честь губернского города, где располагалась семинария. Но эта версия менее вероятна: в духовном сословии предпочитали более книжные и латинские основы.

В итоге: Губерницкий — фамилия-топоним, указывающая на родство с местом, в названии которого был корень «губерн-». Предки носителя с большой долей вероятности жили в селе или городе, называвшемся Губерня, Губерное или Губернск, либо были выходцами из губернского центра, что и закрепилось в прозвище.