Фамилия Губерниева — женская форма, а мужская — Губерниев. В основе лежит слово «губерния», но связь здесь не прямая, а через прозвище или должность. В русской ономастике фамилии на -ев, образованные от слов, обозначающих административные единицы, встречаются редко, но они фиксируются: например, Губернский, Губернаторов. Губерниев мог возникнуть от прозвища Губерний — так могли называть человека, имевшего отношение к губернскому управлению, либо выходца из другой губернии. Второй вариант — ироничное прозвище, данное крестьянину или мещанину, который любил рассуждать о делах государственных, «как губернатор».

Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Губерниев, то есть сын Губерния. Такая модель типична для фамилий, возникших из прозвищ в XV–XVII веках. Географически фамилия редкая, встречается в центральных регионах России, особенно в Вологодской и Ярославской областях, где в XIX веке существовали крестьянские роды с таким именованием. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные образования не выделены в отдельную группу, но по аналогии с фамилиями от названий должностей (Дьяков, Князев) можно говорить о происхождении от прозвания по социальному статусу.

Менее вероятна, но возможна связь с польским или украинским словом «губернатор» (через диалектное «губерня»). В таком случае фамилия могла попасть в русскую среду через переселенцев из Речи Посполитой, но без документальных подтверждений эта гипотеза остаётся слабой. Сейчас фамилия известна благодаря журналисту Дмитрию Губерниеву, но её корни уходят в дореволюционную крестьянскую среду, где прозвище Губерний было скорее насмешливым, чем почётным.