Фамилия Губернин — один из тех случаев, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Модель «Губерн(я) + -ин» — классический пример «материнской» или «холопской» фамилии, образованной от прозвища матери: Губерня. Суффикс -ин в русских фамилиях означает «чей?» — то есть «сын (или человек) Губерни». Это отличает её от фамилий на -ов/-ев, которые чаще указывали на отца или владельца.

Прозвище Губерня, скорее всего, дали человеку, имевшему отношение к губернскому городу или губернскому управлению. В XIX веке слово «губерния» было в ходу у всех сословий: крестьянин, побывавший в губернском городе и вернувшийся с рассказами, мог получить такое прозвище. Реже прозвище давали приказному служащему или даже помещику, владевшему землёй в губернии. Гласная «я» на конце (Губерня вместо «Губерна») — характерная черта южнорусских и белорусских говоров, где имена и прозвища часто смягчались: Губерня, а не Губерна.

Стоит отметить, что фамилия Губернин — недворянская. Дворянские роды обычно оформлялись через -ский/-цкий (Губернский) или имели иную модель. А вот крестьяне и мещане, получившие фамилии в XIX веке, часто брали прозвище матери или бабки, особенно если отец был неизвестен или умер рано. Поэтому Губернин — это «сын Губерни», и предок носителя, вероятно, был либо выходцем из губернского города, либо человеком, которого так окрестили за связь с администрацией.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным регионам России, где слово «губерния» звучало в быту чаще. Встречается также вариант Губернев, но он редок и образован от мужской формы «Губернь». Губернин — более устойчивая форма, зафиксированная в переписях XIX века. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» она не упоминается, что говорит о её локальном, а не общерусском распространении. Если вы носите эту фамилию, ваши предки с высокой вероятностью были крестьянами или мещанами из южных губерний, а само прозвище закрепилось по материнской линии.