Фамилия Губерсков — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не связано с профессией или внешностью, а точнее — с географией. В её основе лежит слово «губерск» или «губерский», но не в значении «относящийся к губернии». Скорее всего, так называли уроженца села Губерск или Губерское. На карте России действительно есть несколько таких топонимов: например, село Губерск в Саратовской области или Губерское в бывшей Оренбургской губернии. Человек, переселившийся оттуда, получал прозвище Губерский, а его сын или внук уже записывался как Губерсков — по типичной русской модели «чей?»: сын Губерского.

Суффикс -ск- в основе фамилии указывает на прилагательное, образованное от названия места. Это типично для фамилий, возникших из прозвищ по месту жительства: Губерский → Губерсков. Встречается и вариант без суффикса — Губерский, но форма на -ов закрепилась чаще, подчиняясь общей тенденции: в XV–XVII веках большинство русских фамилий оформляли именно патронимическим суффиксом -ов/-ев.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с польским словом «guber» (кнут, плеть) или с диалектным «губер» (высокомерный, гордый человек). Однако в этом случае фамилия выглядела бы как Губеров или Губеркин — без суффикса -ск-. Поэтому топонимическое объяснение надёжнее.

Фамилия не относится к числу дворянских и не фиксируется в старых родословных книгах. Её носители — скорее всего, крестьяне или однодворцы из южных и поволжских губерний, где и встречались сёла с таким названием. В современных справочниках Губерсков — фамилия малочисленная, сосредоточенная в основном в центральной России и Поволжье.