Фамилия Губерт — это не прозвище и не указание на ремесло, а прямое наследие крестильного имени. Она образована от мужского имени Губерт, которое попало в русский обиход через немецкую или польскую традицию. Разбираем имя по составу: древневерхненемецкое hug означает «душа», «дух», а berht — «сияющий», «яркий». В сумме получается «сияющая душа» — формула скорее поэтическая, чем бытовая, но в эпоху раннего Средневековья такие составные имена с возвышенным смыслом были нормой для знатных родов.

В Западной Европе имя прославил святой Губерт Льежский (около 656–727 годов). По преданию, он был сыном Бертрана, герцога Гиенского, и в молодости увлекался охотой, но после чудесного обращения стал епископом и покровителем охотников. На Руси это имя не получило широкого распространения, поэтому фамилия Губерт встречается редко и почти всегда указывает на иностранное происхождение основателя рода — скорее всего, немца, голландца или поляка, переселившегося в Российскую империю.

С точки зрения словообразования фамилия не получила русского суффикса (-ов, -ин, -ский), а осталась в исходной, «голой» форме. Это характерно для поздних заимствований или для фамилий, которые фиксировались в документах уже в таком виде без адаптации. Если бы фамилия обрусела раньше, мы бы увидели варианты вроде Губертов или Губертин.

В России фамилия Губерт встречается в основном среди потомков немецких колонистов, приглашённых Екатериной II, а также в среде польской шляхты. Встречается и вариант Губертов — с русским патронимическим суффиксом, что говорит о более глубокой ассимиляции. Сравните с однокоренными европейскими фамилиями: Hubert (английская, французская), Hubertus (латинизированная), Huberta (женская форма) — все они восходят к тому же корню.