Фамилия Губерцев — редкий случай, когда корень слова прозрачен, а значение неочевидно. В её основе лежит слово «губерния» или, что вероятнее, «губернатор». Однако напрямую «губернатором» предка не называли: суффикс -ец в русских фамилиях часто указывал на принадлежность к месту или должности. Губерцем могли прозвать уроженца Губернии — так в просторечии иногда называли Санкт-Петербургскую губернию, а точнее её центр, то есть самого императора и его двор. Но более приземлённая версия — прозвище Губернец давали человеку, который служил при губернаторе, работал в губернской канцелярии или происходил из губернского города (в отличие от уездного). В говорах слово «губерния» могло означать не только административную единицу, но и «большой начальственный дом» или «чиновную среду», так что прозвище могло закрепиться за важным, степенным человеком, который «держался по-губернски».

Фамилия образована по продуктивной модели: основа + суффикс принадлежности -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). То есть Губерцев — буквально «сын Губерца» или «из рода Губерца». Ударение в исходном прозвище, скорее всего, падало на первый слог — Гу́бернец, отсюда и фамильное ударение Гу́берцев, хотя в современном бытовании встречаются варианты с ударением на второй слог.

Эта фамилия не относится к числу массовых и географически привязана скорее к центральным и южным губерниям России, где была развита чиновничья иерархия. В дореволюционных списках Губерцевы встречаются среди мещан и купцов, реже — среди духовенства. Дворянской фамилией она не стала, так как не ведёт происхождение от знатного рода, а образована от бытового прозвища. В отличие от однокоренных Губернаторов или Губернских, которые могли фиксировать прямую должность, Губерцев сохраняет оттенок уменьшительности или принадлежности — «тот, кто имеет отношение к губернскому миру», но не вершит его.