Фамилия Губинова — женская форма от Губинов, а та, в свою очередь, образована через редкий суффикс -ов от прозвища Губи́н. На первый взгляд кажется, что корень здесь «губ-», но это не обязательно связано с частью лица. В русских говорах слово «губа» имело и другие значения: залив реки, заводь, а также — гриб (например, «губы» — так называли некоторые съедобные грибы в северных диалектах). Кроме того, в старину «губой» могли прозвать обидчивого или капризного человека — того, кто «надувает губы».

Однако есть и более вероятная версия: основа — не «губа», а диалектное «губи́н» или «губе́нь», то есть гуляка, разгульный человек. В этом случае фамилия Губинов — отчество второго порядка: сначала было прозвище Губи́н (гуляка), а его сын стал Губиновым (чей? — Губинов). Суффикс -ов здесь не патронимический в прямом смысле (как у Иванов), а присоединён к уже готовой фамилии на -ин, что встречается реже и указывает на более позднее оформление, возможно, в XVII–XVIII веках.

Географически фамилия Губинов (и Губинова) тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской. Там слово «губа» в значении «залив» было обиходным, а прозвища по природным объектам давали часто. Встречается она и у старообрядцев: в метрических книгах XIX века можно найти Губиновых среди крестьян-поморов. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это однозначно крестьянская или мещанская фамилия, без приставок и гербов.

Спорных версий тут немного. Иногда Губинову пытаются связать с глаголом «губить» — мол, предок был «губителем». Но это маловероятно: прозвища с прямым негативным смыслом («Губитель») давали редко, и они обычно превращались в фамилии с суффиксом -ев (Губителев). А здесь основа «Губин» — спокойная, бытовая. Так что если вы носите фамилию Губинова, скорее всего, ваш предок был либо жителем у речной заводи, либо человеком весёлого нрава — и уж точно не злодеем.