Фамилия Губинов — хороший пример того, как пристальный взгляд на суффикс может рассказать о происхождении больше, чем очевидный корень. Если бы фамилия была образована напрямую от слова «губа» (губастый, живущий на берегу губы), мы бы чаще встречали формы Губин или Губов. Суффикс -инов указывает на другую, более сложную модель: основа здесь — не существительное, а притяжательное прилагательное, которое, в свою очередь, образовано от прозвища или имени.

Скорее всего, в основе лежит прозвище Губина. Так могли назвать человека с припухлыми, толстыми губами — или, в переносном смысле, обидчивого, «надутого». От этого прозвища через притяжательную форму («чей?» — Губинов) и возникла фамилия. Буквально она означала «сын Губины» или «потомок того, кого звали Губиной». Суффикс -инов, а не более привычный -ин, встречается реже и характерен для фамилий, образованных от основ на -а: ср. Птицын — Птицынов (устар.), Львов — Львовинов (редко). Здесь он закрепился, возможно, из-за того, что прозвище Губина звучало как полное имя, а не краткая форма.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла возникнуть от названия местности. В тверских и псковских говорах «губина» — это глухомань, чаща, непроходимое место. Человека, жившего в такой глуши, могли прозвать Губиной, а его детей — Губиновыми. Однако географическая привязка фамилии Губинов слабая: она встречается рассеянно, без явного гнезда в одном регионе, что больше свойственно прозвищным фамилиям.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -инов упоминается как периферийная, характерная для северных и сибирских говоров, где притяжательные прилагательные дольше сохраняли полную форму. Губинов — не частая фамилия, её носители, скорее всего, потомки крестьян или посадских людей, получивших прозвище за внешность или характер. Никаких дворянских родов или знаменитых исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что только подтверждает её народное, бытовое происхождение.