Фамилия Губева — вариант женского рода от мужской фамилии Губев. Искать её происхождение стоит через мужскую форму, которая образована по самой распространённой в русском языке модели: от прозвища или имени, оканчивающегося на твёрдый согласный, с помощью суффикса -ев (фонетический вариант суффикса -ов после шипящих и мягких согласных, но здесь — после губного «б»). Основа здесь — «Губ» или «Губь».

Ключевой вопрос: что скрывается за словом «губ»? Самое прямое объяснение — от слова «губа». В русских говорах «губой» могли называть не только часть лица, но и, например, гриб (подгубник), залив или губу в значении «край, выступ». Однако в основе фамилий чаще лежат прозвища по внешности: «Губа» — человек с пухлыми, отвислыми или заметными губами. Такое прозвище фиксируется в древнерусских документах: в XV–XVI веках встречаются крестьяне и посадские люди с именованием Губа, от которого пошли фамилии Губин, Губкин и, реже, Губев.

Есть и менее очевидная версия — через старинное слово «губа» в значении «залив» или «бухта» (сравните: Онежская губа, Кандалакшская губа). Тогда прозвище Губа мог получить человек, живший у такого водоёма. Но эта версия слабее: топонимические прозвища чаще давали по названию реки или озера, а не по типу берега.

Стоит обратить внимание и на суффикс. В фамилии Губев — суффикс -ев, а не -ин. Это значит, что основа, скорее всего, не женское имя (типа Губа — от Губы, дочери), а мужское прозвище или имя Губ. Если бы фамилия происходила от слова «губа» в женском роде, логичнее была бы форма Губин (как «от Губы»). Губев же указывает на основу, которая в именительном падеже звучала как Губ или Губей.

Региональная привязка фамилии Губев/Губева неочевидна: она не относится к числу массовых и не концентрируется в одной области. Встречается разрозненно, что типично для фамилий, образованных от бытовых прозвищ. Социальный статус первых носителей, скорее всего, крестьянский или мещанский — прозвища по внешности давали в низших сословиях, где фамилии закрепились позже, в XVIII–XIX веках.

Таким образом, наиболее вероятно, что предок носителя фамилии Губев получил прозвище Губ из-за особенности губ — полноты, формы или размера, — и это прозвище перешло в фамилию по отцу. Альтернативные версии (от названия гриба или залива) маловероятны, так как не имеют подтверждения в ономастических справочниках.