Фамилия Губенко — одна из тех, что сразу выдают украинское происхождение благодаря характерному суффиксу -енко. В украинской ономастике этот формант веками выполнял роль отчества или указания на принадлежность младшего члена семьи к старшему: Губенко — буквально «сын или потомок Губана». Такая модель стала особенно массовой в XVI–XVII веках на Левобережной и Слободской Украине, откуда фамилия и разошлась по соседним землям.

Основа фамилии — прозвище Губан. В русских говорах «губаном» называли человека с толстыми, выдающимися губами. Однако у слова была и вторая сторона: в некоторых диалектах «губан» означало «обидчивый», «надутый» — то есть тот, кто постоянно «губы дует». Оба значения легко ложились на живой язык и могли закрепиться за конкретным человеком.

Документы подтверждают древность фамилии. Уже в 1495 году в новгородских писцовых книгах фигурирует крестьянин Иван Губенко. В 1555 году в Казань на постоянное жительство был сведён «гость» (то есть купец) Иван Губенко — факт, говорящий о том, что фамилия бытовала не только среди крестьян, но и в торгово-посадской среде. А в 1610 году упоминается дворянин Алексей Иванович Губенко, потомок выходца из Смоленска. Таким образом, сословный диапазон носителей был широк: от крестьян до служилых людей.

Существует и более редкая версия, возводящая фамилию напрямую к прозвищу Губа. Помимо прямого значения («орган речи»), у слова «губа» в древнерусском языке были переносные смыслы: «морской залив», «окраина селения», а также «административная единица» (например, «губа» в значении судебного округа в Новгородской земле). В этом случае прозвище могло указывать на место жительства — у залива или на краю деревни. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -енко чаще присоединялся к личным прозвищам на -ан (Губан, Голован, Усан), чем к короткой основе «Губа».

Известные носители фамилии в XX веке подтверждают её украинские корни. В Книге памяти Саратовской области записан Губенко Дмитрий Алексеевич, 1896 года рождения, уроженец города Камышин. А в Сведениях ДКНБ РК по Западно-Казахстанской области значится украинец Губенко Михаил Яковлевич, родившийся в 1875 году в селе Боровенко Харьковской губернии. Оба случая — типичная картина расселения украинских фамилий по югу России и Поволжью в ходе аграрных переселений XIX — начала XX века.

Самый известный обладатель фамилии — Николай Николаевич Губенко (1941–2020), актёр, режиссёр и последний министр культуры СССР. Его фильмы «Подранки» и «Они сражались за Родину» вошли в золотой фонд советского кинематографа. В этой фамилии, как в капле воды, отразилась история: украинская основа, древние новгородские корни, дворянские и крестьянские ветви — и узнаваемый суффикс, который не даст спутать Губенко ни с какой другой фамилией.