Фамилия Губкина — одна из тех, что хранит в себе сразу несколько возможных историй, и разобраться в них помогает внимательный взгляд на слово, от которого она произошла. В основе лежит прозвище или мирское имя Губка. Самая прямая и распространённая версия — домашнее, ласковое прозвище, которым родители называли ребёнка. Такие уменьшительные имена (Губка, Лапка, Ушко) были в ходу в русских семьях и нередко закреплялись за человеком на всю жизнь, переходя затем к его детям в виде фамилии.

Взрослый человек мог получить прозвище Губка за форму или красоту губ. Это не обязательно насмешка: в народной традиции полные, яркие губы считались признаком здоровья и привлекательности. Однако маловероятно, что прозвище давали с иронией, чтобы подчеркнуть обидчивость или напыщенность — для таких черт в русском языке существовали другие, более едкие прозвища. Версия о связи с тюркским именем Губа («возвышенный») тоже выглядит натянутой: фамилия Губкина образована по типично русской модели с суффиксом -ин, который в восточнославянской традиции присоединялся именно к основам на -а/-я. Если бы корень был тюркским, мы скорее увидели бы фамилию Губов или Губаев.

По сути, фамилия Губкина — это «сын (или внук) Губки». Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Губкин. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге. Поэтому, скорее всего, предки носителей этой фамилии жили именно в этих краях.