Фамилия Губкова — женская форма фамилии Губков, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Губок. В основе лежит слово «губа». Но трактовать его напрямую как часть лица было бы слишком просто: в русских говорах у этого слова был целый веер значений.

Самая вероятная версия отсылает к грибу. «Губой» или «губкой» в народе называли некоторые съедобные грибы, чаще всего губчатые (белые, подберезовики, маслята) — за их пористую шляпку. Прозвище Губок мог получить грибник, торговец грибами или человек, чем-то напоминавший этот гриб — например, приземистый и плотный. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии на -ков, образованные от названий грибов, — явление распространенное (Боровиков, Опёнков, Волнухин).

Вторая, менее распространенная версия — от слова «губа» в значении «выступ, край». В некоторых диалектах так называли мыс на реке или заливной луг. В этом случае прозвище могло закрепиться за крестьянином, жившим на таком выступе. Но эта гипотеза уступает первой по частоте встречаемости в реальных фамилиях.

Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования: Губок → сын Губка → Губков. Фамилия фиксируется в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, где диалектное слово «губа» в значении «гриб» было в ходу. Встречается также вариант Губкин — с тем же корнем, но другим суффиксом, что подтверждает народное происхождение обеих фамилий.

Таким образом, предки носительницы фамилии Губкова с большой вероятностью были людьми, связанными с лесом и сбором даров природы, либо просто получили прозвище по внешней ассоциации с грибом-губкой. Другие версии (от части лица или от географического термина) менее убедительны и не имеют массового подтверждения в ономастике.