Фамилия Губков образована по самой распространённой в русской ономастике модели — от прозвища или имени через суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). Основа здесь — Губок, уменьшительная форма от слова «губа». Но что именно значило это прозвище, вопрос не такой простой, как кажется.

Самая прямая версия: Губком называли человека с толстыми, припухлыми или оттопыренными губами. Такие прозвища по внешнему признаку — Губа, Губан, Губкин — широко бытовали в крестьянской среде. Однако у слова «губа» в русских говорах было и другое значение: гриб-трутовик, который использовали как трут для огня или как лекарственное средство. Человек, собиравший трутовики или делавший из них трут, тоже мог получить прозвище Губа или Губок. Ещё одно значение, зафиксированное в диалектах, — залив, излучина реки; житель у такого места иногда получал прозвище по топониму.

Менее вероятна, но не исключена связь с нецерковным именем Губа — в старину так могли называть ребёнка с родимым пятном на лице, похожим на губу. В любом случае, все эти версии сходятся в одном: фамилия Губков — не искусственная, а бытовая, «уличная», она закрепилась за родом через прозвище конкретного человека. Суффикс -ов указывает, что предок носителя фамилии был Губок — то есть сын или потомок Губы.

Фамилия встречается в разных регионах, но заметно чаще — в центральных и южнорусских областях, где слово «губа» в значении «губы» было основным. В дворянские роды Губковы не входили, это фамилия крестьянского или мещанского происхождения. В дореволюционных переписях она фиксируется в Тульской, Рязанской, Курской губерниях. Сейчас носителей немного, но фамилия не исчезла и сохраняет связь с той эпохой, когда прозвище давали метко и на всю жизнь.