Фамилия Губкины — классический образец русской фамилии на -ин, которая указывает на принадлежность предку по имени или прозвищу Губка. Такие фамилии отвечали на вопрос «чей?»: Губка → сын Губки → Губкин. Со временем форма множественного числа (Губкины) стала обозначать весь род, а не одного человека.

Прозвище Губка, скорее всего, было домашним, ласковым — так родители называли своего малыша. Не исключено, что его носил и взрослый человек с красивыми, выразительными губами. Менее вероятно, что прозвище давали с иронией, желая подчеркнуть обидчивость или напыщенность, — для таких черт в русском языке существовали другие, более хлёсткие прозвища.

Встречается версия о связи фамилии с тюркским именем Губа (в переводе «возвышенный»), но она ошибочна: словообразовательная модель здесь чисто славянская, с уменьшительным суффиксом -к-, а не заимствованная. Точное место и время возникновения фамилии Губкин установить сложно — процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий. Однако ясно, что она закрепилась в центральных и южных регионах России, где прозвища от частей тела или внешних черт были особенно распространены.

Интересная деталь: фамилия Губкины встречается в старинных документах не только как дворянская, но и как крестьянская или посадская. Например, в писцовых книгах XVII века упоминаются «Губкины дети» из-под Рязани — это говорит о том, что прозвище Губка не было редким и могло возникать независимо в разных семьях.