Фамилия Губонин происходит от прозвища Губоня. Оно восходит к существительному «губа» со значением «края рта у человека и животных». Возможно, прозвище Губоня указывает на особенности внешности его обладателя. Не исключено, что фамилия Губонин берет начало от прозвища Губоня, образованного от существительного «губа», которое имеет значение «морской залив» или «край, уезд; селение, двор, изба; округ, владение». Вероятно, именование Губоня указывало на место жительства его обладателя или особенности его дома, размеры хозяйства. Так и прозвище Губоня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Губонин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губоня, со временем получил фамилию Губонин. Среди известных однофамильцев можно назвать промышленника и мецената XIX века Петра Ионовича Губонина, а также русского художника и историка церкви Михаила Ефимовича Губонина.