Фамилия Губонин — один из тех случаев, когда за привычной фамилией стоит не один, а целых два возможных корня, и каждый ведет в свою сторону. Основа здесь — прозвище Губоня. Если отталкиваться от самого прямого значения слова «губа» (часть лица), то Губоней могли назвать человека с заметными, полными или, наоборот, тонкими губами. Такие прозвища по внешности — «Толстогубый», «Губастый» — были в ходу, и Губоня встает в тот же ряд.

Но есть и второй ход, более интересный. В старых русских говорах слово «губа» означало не только рот. Так называли морской залив, а еще — округ, владение или даже отдельный двор с хозяйством. В этом случае прозвище Губоня могло указывать не на внешность, а на место жительства: человек, живший у залива, или владелец крупного, «губастого» хозяйства. Такая двойственность — довольно частое явление в народных прозвищах, где одно и то же слово работает и как описание черты, и как указание на быт.

Суффикс -ин в фамилии Губонин — классическая модель, обозначающая принадлежность: «чей?» — Губонин, то есть сын или потомок Губони. В этом плане фамилия типична для центральной России, где такие формы на -ин были особенно распространены.

Из известных носителей стоит вспомнить хотя бы двух: Петра Ионовича Губонина, крупного промышленника и мецената XIX века, и художника Михаила Ефимовича Губонина, работавшего в области истории церкви. Их примеры показывают, насколько разными могут быть судьбы людей с одной и той же фамилией, корни которой теряются где-то между описанием внешности и географическим названием.