Фамилия Губонины — один из тех родовых имен, которые ставят перед исследователем сразу несколько загадок, не давая однозначного ответа. В основе фамилии лежит прозвище Губоня, и споры вызывает уже само исходное слово «губа». Самая очевидная версия — анатомическая: Губоней могли прозвать человека за особенности губ, будь то пухлые губы, заячья губа или привычка их кривить. Эта версия лежит на поверхности, но у нее есть серьезный конкурент.

Дело в том, что в древнерусских диалектах слово «губа» имело совсем другое, административное значение. Губой называли не только часть лица, но и территориальную единицу — округ, уезд, владение, а иногда и отдельный двор с хозяйством. В этом случае прозвище Губоня могло указывать не на внешность, а на место жительства или масштаб владений: человек, владевший целой «губой» или живший на отшибе, в отдельном «губном» стане. Такая версия менее популярна в интернете, но исторически она даже весомее, особенно если учесть, что «губные старосты» — реальная должность в Московском государстве, ведавшая сыском и судом.

Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Губонин, то есть сын или потомок Губони. Это типичная патронимическая модель для центральных и северных областей России. Если бы прозвище было образовано от той же основы, но с другим суффиксом, мы бы получили фамилию Губонев — но история распорядилась иначе.

Среди носителей фамилии есть две фигуры, достойные отдельного упоминания. Петр Ионович Губонин (1825–1894) — крупный промышленник и строитель железных дорог, выходец из крепостных крестьян, дослужившийся до действительного статского советника и прославившийся меценатством. А Михаил Ефимович Губонин (1900–1971) — художник и историк церкви, оставивший после себя уникальные труды по истории Русской православной церкви. Эти два совершенно разных человека показывают, насколько широко может разойтись одна фамилия по социальной лестнице и сферам деятельности.

Точное время возникновения фамилии Губонины установить сложно. Как и большинство русских фамилий на -ин, она оформилась в XV–XVII веках, но отдельные упоминания прозвища Губоня встречаются в документах и раньше. Окончательный ответ на вопрос, откуда пошел род, может дать только глубокое генеалогическое исследование с привязкой к конкретной местности — например, к южным уездам, где фамилия встречается чаще, или к центральным губерниям, где жил Петр Губонин.