Фамилия Губонина — женская форма от Губонин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Губоня. Разбираемся с основой: в русских говорах слово «губа» многозначно. Самое прямое объяснение — от «губы» как части лица. Прозвище Губоня могли дать человеку с приметными, пухлыми или, наоборот, тонкими губами — типичный случай, когда внешняя черта становилась семейным именем.

Но есть и менее очевидная версия, которую стоит рассмотреть. В северных и центральных диалектах «губа» означала не только рот, но и «морской залив» (в Поморье) или даже «округ, владение, селение». В этом случае прозвище Губоня могло указывать не на внешность, а на место жительства — например, на берегу губы (залива) или в крупном хозяйстве. Такая географическая привязка встречается реже, но для фамилии Губонин она правдоподобна, особенно если предки были из северных областей.

Модель образования проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Губонин, то есть сын Губони). Это типичная патронимическая фамилия, но основанная на прозвище, а не на крестильном имени. Среди известных носителей — промышленник и меценат XIX века Пётр Ионович Губонин, построивший железные дороги и жертвовавший на храмы, и художник Михаил Ефимович Губонин, занимавшийся историей церковного искусства. Оба — мужчины, но женская форма Губонина закрепилась за их потомками по женской линии.