Фамилия Губоненкова — женская форма фамилии Губоненков, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу указывает на географию. Формант -енков (в мужском варианте) — характерная черта восточноукраинских и южнорусских фамилий, особенно распространённых на территории бывшей Слобожанщины (современные Харьковская, Сумская, Белгородская, Воронежская области). Такие фамилии образовались от отчеств по продуктивной украинской модели: к основе имени или прозвища добавляли суффикс -енк(о), а затем, при русификации документа, наращивали русский патронимический суффикс -ов. То есть Губоненков — это «сын Губоненка» или, что точнее, «внук Губоненко».

Основа фамилии — Губоня или Губон. Это прозвище, скорее всего, связано с губой — частью лица. В русских говорах «губан» или «губаня» могли называть человека с толстыми, отвислыми или крупными губами. Прозвище могло быть чисто внешним, без негативного оттенка, — в крестьянской среде такие «портретные» именования давали метко и навсегда. Реже, но возможно, что Губоня — это уменьшительная форма от нецерковного имени Губа, которое, по версии исследователя Б. Унбегауна, тоже восходит к той же внешней примете.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «губить» (в значении «портить, уничтожать») или с диалектным «губа» — «гриб». Но для фамилии Губоненков она слабая: суффикс -оня в прозвищах чаще образует ласкательные или описательные формы от существительных, а не от глагольных основ.

Социально фамилия недворянская. Суффикс -енков почти не встречается у знати — это признак крестьянских, казачьих или мещанских родов. Предки Губоненковых, скорее всего, были однодворцами или государственными крестьянами южных окраин России, где в XVII–XVIII веках активно селились выходцы с Украины. В метрических книгах XIX века такую фамилию можно найти в сёлах бывшей Воронежской губернии и соседних уездах Курской.

Коротко: Губоненкова — фамилия слобожанского типа, образованная от прозвища по внешности (крупные губы) по модели «сын Губоненка». Носительницы этой фамилии — потомки южнорусских или украинских крестьян, чьи предки получили прозвище за заметную черту лица.