Фамилия Губаненков — одна из тех, чью историю можно проследить по цепочке словообразовательных превращений. В её основе лежит прозвище Губан, которое на Руси давали либо человеку с толстыми, выдающимися губами, либо обидчивому, «надутому» — тому, кто часто «губы дул». Такая двойственность типична для древних прозвищ: они могли описывать внешность или характер, а иногда и то и другое сразу.

Сама основа «губ-» — одна из старых в русской ономастике. Документы XV–XVII веков фиксируют немало людей с такими прозвищами и фамилиями: Иван Губанов, крестьянин из Новгорода (1495 год); гость Губанов Иван, которого в 1555 году переселили в Казань; дворянин Алексей Иванович Губанов, потомок смоленских выходцев (1610 год); крестьянин Иван Губанов (1627 год). Эти записи показывают, что прозвище было распространено в разных слоях общества — от крестьян до гостей (крупных купцов) и дворян.

Фамилия Губаненков интересна своим суффиксом. Модель «-енко» традиционно украинская или белорусская: она означает «сын» или «потомок» (Губаненко — «сын Губана»). Однако в русской среде такие фамилии нередко адаптировали, добавляя к ним русский патронимический суффикс «-ов». Так и возникла форма Губаненков — буквально «внук Губана» или «потомок Губана». Вероятно, род Губаненко перебрался на территорию современной России, где фамилию «обрусели» по типичному для местной традиции образцу.

Таким образом, фамилия Губаненков хранит память о предке, которого за глаза называли Губаном, — и о миграции его потомков, сменивших украинский суффикс на русский.