Фамилия Губаненков образована от прозвища Губан, которое ведет свое начало от нарицательного "губа". Губаном на Руси называли либо толстогубого, либо обидчивого человека. Соответственно, эта фамилия могла указывать как на внешние особенности, так и на характер предка. Фамилии с основой «губ» довольно старые, о чем свидетельствуют документы XV-XVII вв., где упоминаются: Иван Губанов, крестьянин, 1495 г., Новгород; Губанов Иван, гость, в 1555 г. сведенный на житье в Казань; Алексей Иванович, дворянин, потомок выходца из Смоленска, 1610 г.; Губанов Иван, крестьянин, 1627 г. Со временем, вероятно, род Губаненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губан, со временем получил фамилию Губаненков.