Фамилия Губаненков — типичный пример того, как украинская или белорусская фамилия «обрусела» после переселения её носителей в Россию. Разберёмся по порядку.

В основе фамилии лежит прозвище Губан. На Руси так называли либо человека с толстыми губами (внешняя примета), либо обидчивого, капризного — того, кто «надувает губы». Прозвище это древнее: уже в документах XV–XVII веков встречаются Иван Губанов (1495 г., Новгород), гость Иван Губанов (1555 г., сослан в Казань) и дворянин Алексей Иванович Губанов (1610 г., из смоленских выходцев). То есть корень «губ» в фамилиях — один из старых и хорошо задокументированных.

Ключевая особенность фамилии Губаненков — её суффиксальная цепочка. Первичная форма, скорее всего, звучала как Губаненко: характерный суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) указывает на происхождение с территории современной Украины или Белоруссии. Там он означал «сын Губана» или «потомок Губана». Когда носитель такой фамилии переселялся в великорусские земли, фамилию могли адаптировать к местной модели, добавив типичный русский суффикс -ов. Так Губаненко превратился в Губаненкова — то есть фамилия стала склоняться по образцу русских отчеств на -ов.

Итак, Губаненков — это «русифицированный» вариант украинско-белорусской фамилии, означающий «потомок человека по прозвищу Губан». Точное место и время возникновения исходной формы (Губаненко) назвать сложно — процесс шёл столетиями, и документальных свидетельств о каждом конкретном переселении не сохранилось. Однако сама модель образования (прозвище + -енко + -ов) хорошо известна ономастам, в частности, её описывал Б. Унбегаун в «Русских фамилиях». Это не единичный случай: так же появились, например, фамилии Бондаренков, Коваленков, Шевченков — все они прошли путь от южнорусских и белорусских форм к общерусским.