Фамилия Губаненков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Губаненков образована от прозвища Губан, которое ведет свое начало от нарицательного "губа". Губаном на Руси называли либо толстогубого, либо обидчивого человека. Соответственно, эта фамилия могла указывать как на внешние особенности, так и на характер предка. Фамилии с основой «губ» довольно старые, о чем свидетельствуют документы XV-XVII вв., где упоминаются: Иван Губанов, крестьянин, 1495 г., Новгород; Губанов Иван, гость, в 1555 г. сведенный на житье в Казань; Алексей Иванович, дворянин, потомок выходца из Смоленска, 1610 г.; Губанов Иван, крестьянин, 1627 г. Скорее всего, фамилия Губаненков изначально возникла на территории Украины или Белоруссии, о чем свидетельствует характерный суффикс -енко. Со временем, вероятно, род Губаненко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губан, со временем получил фамилию Губаненков. О точном месте и времени возникновения фамилии Губаненков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Губаненков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.