Фамилия Губанеев — редкий случай, когда этимологию почти не приходится угадывать. В ней отчетливо видна основа «Губан» и типичный для русских фамилий суффикс принадлежности -еев. Этот суффикс (фонетический вариант -еев) присоединялся к основам на мягкий согласный или на «й»: Губан → Губанев → со временем, под влиянием произношения, «в» перешло в «ев», закрепившись как Губанеев. Такая модель характерна для фамилий, образованных от прозвищ или мирских имен.

Само слово «Губан» в русских говорах имело два основных значения. Первое — человек с большой или выпяченной губой, то есть прозвище по внешней примете. Второе, менее известное, — «губаном» называли рыбу (разновидность кефали или бычка), а также болтливого, хвастливого человека (от «губа» в смысле «говорун»). Какое из значений легло в основу фамилии, сказать сложно, но прозвища по внешности — самый частый источник русских фамилий, так что версия с «губастым» предком наиболее вероятна.

С географией у фамилии всё необычно. Губанеевы — не массовая фамилия, и её очаг находится не в центральной России, а на Урале и в Зауралье. Встречается она в Челябинской, Курганской областях и в Башкортостане. Это наводит на мысль, что фамилия могла закрепиться среди уральских казаков или крестьян, переселившихся на восток в XVII–XVIII веках. Связи с дворянскими родами или известными историческими персонажами нет — перед нами типичная фамилия простонародья, образованная от уличного прозвища.

Примечательно, что фамилия сохранила редкий вариант суффикса -еев, который в аналогичных фамилиях (Губанов, Губарев) часто заменялся на более распространённый -ов. Это говорит о том, что Губанеевы — относительно замкнутая и старая ветвь, не смешавшаяся с носителями схожих фамилий. В дореволюционных переписях такая форма встречается редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если ваш предок — Губанеев, ищите его в документах Оренбургской или Пермской губернии.