Фамилия Губанеева — редкий пример, когда на слух она кажется отчеством от женского имени, но на деле почти наверняка образована от мужского прозвища. Суффикс -еев указывает на принадлежность (чей? — Губанеев), то есть потомок человека по прозвищу Губаней. Основа здесь — «Губан-», а вариация с -еев вместо более привычного -ов или -ев связана с особенностями произношения: в говорах, где «якали» или смягчали согласные, «Губаней» звучало естественнее, чем «Губанов».

Прозвище Губаней, скорее всего, дали человеку с заметной, крупной или на что-то похожей губой. В русской ономастике это типичный путь: внешний признак превращается в прозвище, а затем в фамилию. Сравните с однокоренными Губанов, Губарев, Губатый — все они восходят к слову «губа» и описывают одну и ту же черту. Менее вероятная, но допустимая версия: прозвище могло быть связано с ремеслом. В некоторых диалектах «губан» называли мастера, который делал губы для саней или телег — деревянные детали, выступающие за край. Однако эта гипотеза слабее, так как в письменных источниках такое значение почти не фиксируется, а основная масса прозвищ по частям тела встречается гораздо чаще.

Географически фамилия Губанеева встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Татарстане и Башкортостане. Это не случайно: в тюркской среде русские фамилии на -еев нередко адаптировались с заменой окончаний (ср. татарские фамилии на -ев, -ов), но здесь основа чисто славянская, а не заимствованная. Иными словами, предки носителей фамилии были русскими, которые жили в зоне активного контакта с тюркскими народами, и их прозвище записали в местной канцелярии с характерным для этих мест произношением.

Сословного барьера у фамилии не было: Губанеевы могли быть и крестьянами, и мещанами, и даже служилыми людьми. В документах XVIII–XIX веков встречаются записи о Губанеевых из крестьян Казанской и Симбирской губерний. Ударение в фамилии, судя по живой речи носителей, падает на второй слог: Губа́неева, хотя в некоторых семьях могли перенести его на последний слог под влиянием тюркских фамилий.