Фамилия Губушин — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка связано не с внешностью, а с речью или поведением. Основа «губ-» в русских фамилиях обычно отсылает к слову «губа»: либо в прямом значении (человек с приметными губами — толстыми, отвислыми или, наоборот, тонкими), либо в переносном — «губастый» в смысле обидчивый, надутый. Но в фамилии Губушин работает не просто корень, а суффикс -уш-, который в русских прозвищах часто придаёт оттенок ласкательности или уменьшительности: Губуша — это не «тот, у кого губища», а скорее «тот, кого звали Губой, но по-свойски, с лёгкой иронией». Такая форма характерна для северных и северо-западных говоров, где -уша активно использовалось в обиходных именованиях.

Словообразовательная модель проста: прозвище Губуша плюс притяжательный суффикс -ин дают «чей?» — Губушин, то есть «сын или потомок Губуши». Фамилия на -ин, а не на -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или гласный, что типично для прозвищ с суффиксом -уша. Если бы корень был «Губ-» без уменьшительного суффикса, мы бы получили Губов или Губин. Губушин же — форма более конкретная, личная, почти семейно-домашняя.

Географически фамилия редкая. Основной массив носителей встречается в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это косвенно подтверждает гипотезу о севернорусском происхождении: именно в этих регионах активно бытовали прозвища с суффиксом -уша (Ванюша, Петруша, Губуша). Встречается фамилия и у татар, но в таком случае её стоит разбирать иначе: у тюркских народов «губуш» может быть вариантом личного имени или прозвища со значением «друг, товарищ» (от «кубыш»), но это уже другая этимология, не связанная с русским корнем.

Исторических сведений о сословной принадлежности Губушиных нет, но судя по модели образования и географии, это крестьянская или посадская фамилия, возникшая не ранее XVII века, когда прозвища начали закрепляться в качестве наследственных. В ревизских сказках и метрических книгах XIX века Губушины встречаются как государственные крестьяне и мещане — без намёка на дворянство или духовенство. Фамилия не получила широкого распространения и осталась локальной, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет именно свою узкую родовую ветвь.