Фамилия Губушина — один из тех случаев, когда на поверхности лежит прозвище, а за ним — целый веер возможных занятий или особенностей предка. Основа здесь очевидна: «губа». Но в русских говорах это слово многозначно. Проще всего было бы предположить, что Губушей прозвали человека с крупными или приметными губами. Однако есть версия куда интереснее: в некоторых диалектах «губа» — это не часть лица, а гриб (в основном, груздь или волнушка). Тогда Губуша — грибник, любитель солёных груздей, или же тот, кто торговал грибами.

Суффикс «-уш-» в прозвище Губуша — уменьшительно-ласкательный или, наоборот, пренебрежительный, в зависимости от контекста. Такая форма могла закрепиться за человеком в шутку или как постоянное уличное имя. Фамилия образована по стандартной русской модели: от прозвища Губуша через притяжательный суффикс «-ин» — «чей?» — «Губушин», то есть «сын Губуши». В женском роде — Губушина.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, особенно к бывшим новгородским землям, где диалектное слово «губа» в значении «гриб» было в ходу. Встречаются также варианты написания с одной буквой «ш» — Губусина, но это редкая описка или результат местного произношения.

Сословный состав носителей, скорее всего, был крестьянским. Прозвища, перешедшие в фамилии, обычно закреплялись за простыми людьми, у которых не было родового имени. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это фамилия из народа, от земли и леса.

Если сравнивать с однокоренными, то Губушина стоит в одном ряду с Губиным, Губановым, Губаревым. Но в отличие от них, где «губа» чаще всего означает лицо или губу как край (например, губа — залив), в фамилии Губушина сильнее слышен именно уменьшительный, почти ласковый оттенок прозвища.