Фамилия Гудрайтис — литовского происхождения, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса, который сразу выдаёт национальную принадлежность. Окончание -ис (-is) — типичный литовский патронимический показатель, соответствующий русскому -ов/-ев или -ин. Такие фамилии на -ис в массе своей образовались в Литве и на исторических землях Великого княжества Литовского, особенно среди крестьян, которые получили фамилии позже шляхты — в XIX веке, в ходе переписей и отмены крепостного права.

Основа фамилии — Гудрайт- (Gudraitis). Литовское слово gudras или gudrus означает «умный», «смышлёный», «хитрый». Суффикс -ait- (-aitis) в литовской антропонимии — один из самых распространённых. Он указывал на сына или потомка: буквально Гудрайтис — это «сын Гудраса» или «потомок Умного». То есть фамилия изначально была не прозвищем самого человека, а отчеством: так называли сына человека, которого в округе знали как Гудрас (Умный, Хитрец). Со временем отчество закрепилось за родом и стало наследственной фамилией.

Географически Гудрайтис — типичная фамилия для северо-восточной Литвы и прилегающих районов Латгалии (восточная Латвия), где сильны литовские и смешанные балтийские говоры. Встречается она и в Беларуси, особенно в Гродненской и Витебской областях — наследие Речи Посполитой, где литовские фамилии нередко сохранялись в польской или белорусской записи. В России и Украине носители Гудрайтис — это, как правило, потомки переселенцев конца XIX — начала XX века или репатриантов советского времени.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает понять, как работала литовская модель. Если бы фамилия оформлялась не как отчество на -aitis, а как прозвище на -us, мы бы имели Гудрус. В польской записи та же основа могла дать Гудрат (Gudrat) или Гудратович. В русской среде, при русификации, фамилию иногда переделывали в Гудрайтов — с типичным русским суффиксом -ов. Но Гудрайтис остаётся самым точным маркером литовского происхождения: по такой модели образованы, например, фамилии Буткус → Буткутис, Адомайтис, Станкус → Станкайтис.

Никакой связи с литовским словом gūdras («впалый», «углублённый») у этой фамилии нет — это омофон, но с разным ударением и значением. Версия о немецких корнях (Gutrait) тоже маловероятна: в Литве фамилия фиксируется именно в литовской среде, а не среди балтийских немцев. Таким образом, Гудрайтис — прозрачная литовская фамилия, которая говорит о предке, которого считали умным или хитрым, и оформилась как типичное отчество на -aitis.