Фамилия Гуджин — редкий случай, когда основа очевидна не сразу. В ней нет типичного для русских фамилий суффикса -ов/-ев, зато есть -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — Гуджин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гуджа. Само прозвище Гуджа, скорее всего, восходит к диалектному глаголу «гудеть» или «гуджать» — издавать низкий звук, гудеть. В говорах так могли называть человека с густым, низким голосом, либо того, кто постоянно напевал себе под нос, либо же, в переносном смысле, ворчуна или нытика.

Менее вероятная, но возможная версия связывает Гуджу с тюркскими корнями. В ряде тюркских языков есть слово «гуджа» или «куджа» в значении «сильный», «могучий», а также как обозначение уважаемого старца или вождя. Однако для фамилии с русским суффиксальным оформлением такая основа нехарактерна и встречается редко, в основном в зонах активного русско-тюркского контакта, например, в Поволжье или на Северном Кавказе. Географически фамилия Гуджин не частотна, её можно встретить в центральных и южных областях России, но без ярко выраженного «гнезда».

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -ин, образованных от имён на -а/-я (Гаврилин от Гаврила), здесь основа Гудж- явно звукоподражательная или прозвищная. Это сближает Гуджина с такими фамилиями, как Гудин (от «гудеть») или Гужов (от «гуж» — часть упряжи, но и от «гужить» — шуметь). Таким образом, предок носителя фамилии Гуджин, скорее всего, выделялся голосом или манерой поведения, а не родом занятий.