Фамилия Гуенкова — женская форма фамилии Гуенков, и в ней сразу заметна модель образования: суффикс -ов/-ев, самый распространённый в русских фамилиях. Основа здесь — «Гуенк-», что явно указывает на прозвище или имя Гуенок, Гуенко. Чтобы понять корень, нужно отбросить уменьшительный суффикс -енк- (или -к-): остаётся «Гу-», что наводит на мысль о звукоподражательном или диалектном происхождении.

Самая вероятная версия: основа восходит к глаголу «гукать» или «гугнить» — диалектным словам, означавшим «издавать глухой звук», «кричать», «говорить в нос» или «ворковать» (о голубях). В некоторых говорах «гука» — это человек, который говорит невнятно или гугниво. Прозвище Гуенок (уменьшительное от Гука) мог получить тот, кого так дразнили за манеру речи. Менее вероятно, но возможно, что корень связан с «гусь» через диалектное «гуська» или «гуся» — так называли гусят или человека, похожего на гуся (например, с длинной шеей или важной походкой). В этом случае фамилия попадает в ряд «птичьих» прозвищ.

Суффикс -енк- в основе характерен для южнорусских и украинских земель, где такие формы (Гуенко, Гуенок) были типичными прозвищами. Фамилия Гуенков (и Гуенкова) могла закрепиться в областях, граничащих с Украиной, или у выходцев оттуда, переселившихся в центральные губернии. В русской традиции фамилии на -ов/-ев добавлялись к прозвищам на -о: из Гуенко сделали Гуенков, а затем и Гуенкова для женщин.

В словарях фамилия не упоминается среди частых, что говорит о её редкости. Носители могли происходить из крестьянской или мещанской среды, где прозвища давали по внешности или поведению. Сегодня фамилия встречается в основном в европейской части России, но без точной географической привязки сказать сложнее. Спорных версий немного: попытки связать с «гуеной» (гиеной) маловероятны — это заимствование, не характерное для русских прозвищ. Правдоподобнее всего — звуковая характеристика предка.