Фамилия Гуенко образована по распространённой украинской модели с суффиксом -енко, который изначально означал «маленький», «сын» или «потомок». Таким образом, Гуенко — это буквально «сын Гуя». В основе фамилии лежит нецерковное, мирское имя Гуй, которое в древности давали ребёнку по языческим традициям. Имя Гуй, предположительно, восходит к слову «гуйка» — так в некоторых говорах называли крупную гагару (водоплавающую птицу), которую также именовали «водяным конём». Давая младенцу такое имя, родители верили, что природа примет ребёнка как своего, и к нему перейдут сила и выносливость этой птицы.

Фамилия Гуенко закрепилась преимущественно на территории современной Украины, где суффикс -енко стал доминирующим в XVI–XVII веках, вытеснив более древние патронимические формы. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще встречаются в северных и восточных регионах, Гуенко — характерный образец украинского фамильного типа, распространённого в центральных и левобережных областях. Встречаются и однокоренные фамилии, например, Гуй или Гуенков, но именно форма Гуенко указывает на прямую связь с именем предка. В некоторых случаях нельзя исключать и прозвищного происхождения, если в основе лежало не имя, а прозвание человека по поведению или внешности, однако версия с мирским именем Гуй выглядит более убедительной, поскольку такие имена от названий птиц и животных — обычное явление в славянской антропонимии.